RT: Número efectivo de reproducción — estima

estima_rt Calcula el número efectivo de reproducción por fecha y entidad usando los metodos de EpiEstim::estimate_R(). Por default calcula el número efectivo de reproducción para cada estado.

Uso

estima_rt(
  datos_covid,
  entidades = c("AGUASCALIENTES", "BAJA CALIFORNIA", "BAJA CALIFORNIA SUR", "CAMPECHE",
    "CHIAPAS", "CHIHUAHUA", "CIUDAD DE MÉXICO", "COAHUILA DE ZARAGOZA", "COLIMA",
    "DURANGO", "GUANAJUATO", "GUERRERO", "HIDALGO", "JALISCO", "MÉXICO",
    "MICHOACÁN DE OCAMPO", "MORELOS", "NAYARIT", "NUEVO LEÓN", "OAXACA", "PUEBLA",
    "QUERÉTARO", "QUINTANA ROO", "SAN LUIS POTOSÍ", "SINALOA", "SONORA", "TABASCO",
    "TAMAULIPAS", "TLAXCALA", "VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE", "YUCATÁN", "ZACATECAS"),
  group_by_entidad = TRUE,
  entidad_tipo = c("Unidad Medica", "Residencia", "Nacimiento"),
  fecha_tipo = c("Sintomas", "Ingreso", "Defuncion"),
  tipo_clasificacion = c("Sospechosos", "Confirmados COVID", "Negativo a COVID",
    "Inválido", "No realizado"),
  tipo_paciente = c("AMBULATORIO", "HOSPITALIZADO", "NO ESPECIFICADO"),
  list_name = "estima_rt",
  min_date = as.POSIXct("2020-01-01", tz = Sys.timezone(), format = "%Y-%m-%d"),
  max_date = as.POSIXct(Sys.time()),
  method = "parametric_si",
  config = if (requireNamespace("EpiEstim", quietly = TRUE)) {
    
    EpiEstim::make_config(list(mean_si = 2.5, std_si = 1.6))
 } else {
     NULL
 },
  ...
)

Argumentos

datos_covid: (obligatorio) Lista de tibbles o duckdbs resultante de descarga_datos_abiertos() o read_datos_abiertos()
entidades: (opcional) Vector con las entidades de las unidades medicas a analizar. Opciones: AGUASCALIENTES, BAJA CALIFORNIA, BAJA CALIFORNIA SUR, CAMPECHE, CHIAPAS, CHIHUAHUA, CIUDAD DE MEXICO, COAHUILA DE ZARAGOZA , COLIMA, DURANGO, GUANAJUATO, GUERRERO, HIDALGO, JALISCO, MEXICO, MICHOACAN DE OCAMPO, MORELOS,NAYARIT NUEVO LEON, OAXACA ,PUEBLA, QUERETARO,QUINTANA ROO, SAN LUIS POTOSI, SINALOA, SONORA, TABASCO, TAMAULIPAS,TLAXCALA, VERACRUZ DE IGNACIO DE LA LLAVE, YUCATAN, ZACATECAS.
group_by_entidad: (opcional) TRUE obtiene los casos para cada entidad reportando en cada fecha la entidad y los casos en dicha entidad. FALSE junta las entidades sumando sus casos en una sola observacion por cada fecha.
entidad_tipo: (opcional) Indica a que se refiere las entidades seleccionadas. Elige una de las opciones: Unidad Medica (entidad de la unidad medica), Nacimiento (entidad de origen del individuo) o Residencia (entidad donde reside el individuo).
fecha_tipo: (opcional) Selecciona si la fecha que se utiliza es la fecha de Ingreso (si aplica), la fecha de Sintomas o la de Defuncion (si aplica). El default es fecha de Sintomas.
tipo_clasificacion: (opcional) Vector con el tipo de clasificaciones (por la prueba) a incluir:Sospechosos,Confirmados COVID, Negativo a COVID, Inv\u00e1lido, No realizado
tipo_paciente: (opcional) Vector con el tipo de pacientes a incluir. Opciones: AMBULATORIO, HOSPITALIZADO, NO ESPECIFICADO. Por default se incluyen todos.
list_name: (opcional) Asigna un nombre en la lista de datos a la base generada
min_date: (opcional) Mínima fecha a partir de la cual estimar el RT.
max_date: (opcional) Máxima fecha a partir de la cual estimar el RT.
method: (opcional) Metodo para estimar el RT con EpiEstim::estimate_R(). Por default se recomienda el método paramétrico de intervalo serial parametric_si.
config: (opcional) Configuracion para la estimacion del RT usando EpiEstim::make_config(). Por default se utiliza una media del intervalo serial de mean_si = 2.5 y una desviación estandar de std_si = 1.6. Sin embargo, como el intervalo serial depende mucho de la variante se recomienda cambiarlo.
...: (opcional) Parámetros adicionales para EpiEstim::estimate_R().

Valor

Une a la lista de datos_covid una nueva entrada de nombre list_name

(default: estima_rt) con una base de datos (tibble) con los resultados agregados.

estima_rt - Base de datos generara con los datos agregados (el nombre cambia si se usa list_name).
dict - Diccionario de datos
dats - Datos originales (conexion a duckdb o tibble)
disconnect - Función para desconectarte de duckdb
... - Cualquier otro elemento que ya existiera en datos_covid

Detalles

Se sugiere establecer una mínima fecha y una máxima fecha con min_date y max_date para la estimación pues los intervalos seriales de omicron son distintos a los de la variante delta.

Ver también

descarga_datos_abiertos() numero_pruebas() cfr() chr() positividad() casos()

Ejemplos


# Para el ejemplo usaremos los datos precargados (datosabiertos) pero tu puedes
# correr el ejemplo descargando informacion mas reciente.
datos_covid <- datosabiertos

# Casos a nivel nacional por estado en todos
# \donttest{
suppressWarnings(
  datos_covid <- datos_covid |> estima_rt()
)
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
head(datos_covid$estima_rt)
#> # A tibble: 6 × 17
#>   ENTIDA…¹ ENTID…² ABREV…³ t_start t_end Mean(…⁴ Std(R…⁵ Quant…⁶ Quant…⁷ Quant…⁸
#>   <chr>    <chr>   <chr>     <dbl> <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>
#> 1 01       AGUASC… AS            2     8       5       5   0.127   0.256    1.44
#> 2 01       AGUASC… AS            3     9       5       5   0.127   0.256    1.44
#> 3 01       AGUASC… AS            4    10       5       5   0.127   0.256    1.44
#> 4 01       AGUASC… AS            5    11       5       5   0.127   0.256    1.44
#> 5 01       AGUASC… AS            6    12       5       5   0.127   0.256    1.44
#> 6 01       AGUASC… AS            7    13       5       5   0.127   0.256    1.44
#> # … with 7 more variables: `Median(R)` <dbl>, `Quantile.0.75(R)` <dbl>,
#> #   `Quantile.0.95(R)` <dbl>, `Quantile.0.975(R)` <dbl>,
#> #   FECHA_SINTOMAS_start <dttm>, FECHA_SINTOMAS_end <dttm>,
#> #   FECHA_SINTOMAS <dttm>, and abbreviated variable names ¹ENTIDAD_UM,
#> #   ²ENTIDAD_FEDERATIVA, ³ABREVIATURA, ⁴`Mean(R)`, ⁵`Std(R)`,
#> #   ⁶`Quantile.0.025(R)`, ⁷`Quantile.0.05(R)`, ⁸`Quantile.0.25(R)`

# Cambios en la fecha de estimacion siguiendo la recomendacion
# y obtenemos todo a nivel nacional
datos_covid <- datos_covid |> estima_rt(
  min_date = as.POSIXct("2021-07-01"),
  max_date = as.POSIXct("2021-09-01"),
  list_name = "rt_min_max",
  group_by_entidad = FALSE
)
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
head(datos_covid$rt_min_max)
#> # A tibble: 6 × 14
#>   t_start t_end Mean(R…¹ Std(R…² Quant…³ Quant…⁴ Quant…⁵ Media…⁶ Quant…⁷ Quant…⁸
#>     <dbl> <dbl>    <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>
#> 1       2     8    1.27   0.0192   1.23    1.24    1.26    1.27    1.28     1.30
#> 2       3     9    1.15   0.0172   1.11    1.12    1.13    1.15    1.16     1.17
#> 3       4    10    1.06   0.0160   1.03    1.03    1.05    1.06    1.07     1.09
#> 4       5    11    1.02   0.0154   0.985   0.990   1.00    1.02    1.03     1.04
#> 5       6    12    0.980  0.0151   0.951   0.956   0.970   0.980   0.991    1.01
#> 6       7    13    0.988  0.0152   0.958   0.963   0.977   0.988   0.998    1.01
#> # … with 4 more variables: `Quantile.0.975(R)` <dbl>,
#> #   FECHA_SINTOMAS_start <dttm>, FECHA_SINTOMAS_end <dttm>,
#> #   FECHA_SINTOMAS <dttm>, and abbreviated variable names ¹`Mean(R)`,
#> #   ²`Std(R)`, ³`Quantile.0.025(R)`, ⁴`Quantile.0.05(R)`, ⁵`Quantile.0.25(R)`,
#> #   ⁶`Median(R)`, ⁷`Quantile.0.75(R)`, ⁸`Quantile.0.95(R)`

# Casos a nivel nacional en los confirmados
datos_covid <- datos_covid |>
  estima_rt(
    tipo_clasificacion = "Confirmados COVID",
    group_by_entidad = FALSE,
    list_name = "rt_confirmados"
  )
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
head(datos_covid$rt_confirmados)
#> # A tibble: 6 × 14
#>   t_start t_end Mean(R…¹ Std(R…² Quant…³ Quant…⁴ Quant…⁵ Media…⁶ Quant…⁷ Quant…⁸
#>     <dbl> <dbl>    <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>
#> 1       2     8    1.21   0.0295   1.15    1.16    1.19    1.21    1.23    1.26 
#> 2       3     9    1.11   0.0269   1.06    1.07    1.10    1.11    1.13    1.16 
#> 3       4    10    1.05   0.0256   1.00    1.01    1.04    1.05    1.07    1.09 
#> 4       5    11    0.996  0.0246   0.949   0.956   0.980   0.996   1.01    1.04 
#> 5       6    12    0.974  0.0243   0.927   0.935   0.958   0.974   0.991   1.01 
#> 6       7    13    0.959  0.0242   0.912   0.919   0.942   0.958   0.975   0.999
#> # … with 4 more variables: `Quantile.0.975(R)` <dbl>,
#> #   FECHA_SINTOMAS_start <dttm>, FECHA_SINTOMAS_end <dttm>,
#> #   FECHA_SINTOMAS <dttm>, and abbreviated variable names ¹`Mean(R)`,
#> #   ²`Std(R)`, ³`Quantile.0.025(R)`, ⁴`Quantile.0.05(R)`, ⁵`Quantile.0.25(R)`,
#> #   ⁶`Median(R)`, ⁷`Quantile.0.75(R)`, ⁸`Quantile.0.95(R)`

#' # Cambios en los parametros de epiestim
# estos parametros no tienen razon de ser mas alla de mostrar como se cambian
datos_covid <- datos_covid |>
  estima_rt(
    group_by_entidad = FALSE,
    list_name = "config_rt",
    method = "uncertain_si", # Metodo de estimacion
    config = EpiEstim::make_config(
      mean_si = 2.4,
      std_si = 0.3,
      std_mean_si = 0.2,
      min_mean_si = 2,
      max_mean_si = 4,
      std_std_si = 0.1,
      min_std_si = 0.1,
      max_std_si = 1.0
    )
  )
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Warning: There were 2 warnings in `dplyr::summarise()`.
#> The first warning was:
#> ℹ In argument: `...$R`.
#> Caused by warning in `check_config()`:
#> ! The distribution you chose for the mean SI is not centered around
#>               the mean.
#> ℹ Run `dplyr::last_dplyr_warnings()` to see the 1 remaining warning.
head(datos_covid$config_rt)
#> # A tibble: 6 × 14
#>   t_start t_end Mean(R…¹ Std(R…² Quant…³ Quant…⁴ Quant…⁵ Media…⁶ Quant…⁷ Quant…⁸
#>     <dbl> <dbl>    <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>   <dbl>
#> 1       2     8    1.21   0.0527   1.13    1.14    1.18    1.21    1.24    1.31 
#> 2       3     9    1.05   0.0308   0.994   1.00    1.02    1.04    1.06    1.10 
#> 3       4    10    1.02   0.0156   0.988   0.992   1.01    1.02    1.03    1.04 
#> 4       5    11    1.00   0.0152   0.973   0.978   0.992   1.00    1.01    1.03 
#> 5       6    12    0.978  0.0150   0.949   0.953   0.967   0.978   0.988   1.00 
#> 6       7    13    0.956  0.0150   0.927   0.932   0.946   0.956   0.966   0.981
#> # … with 4 more variables: `Quantile.0.975(R)` <dbl>,
#> #   FECHA_SINTOMAS_start <dttm>, FECHA_SINTOMAS_end <dttm>,
#> #   FECHA_SINTOMAS <dttm>, and abbreviated variable names ¹`Mean(R)`,
#> #   ²`Std(R)`, ³`Quantile.0.025(R)`, ⁴`Quantile.0.05(R)`, ⁵`Quantile.0.25(R)`,
#> #   ⁶`Median(R)`, ⁷`Quantile.0.75(R)`, ⁸`Quantile.0.95(R)`

# Casos en BC, BCS en los confirmados
datos_covid |>
  estima_rt(
    entidades = c("BAJA CALIFORNIA", "BAJA CALIFORNIA SUR"),
    tipo_clasificacion = "Confirmados COVID",
    group_by_entidad = TRUE,
    list_name = "rt_bc_bcs"
  ) |>
  plot_covid(
    df_name = "rt_bc_bcs", df_date_index = "FECHA_SINTOMAS",
    df_variable = "Mean(R)", df_covariates = "ENTIDAD_FEDERATIVA"
  )
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 
#> Default config will estimate R on weekly sliding windows.
#>     To change this change the t_start and t_end arguments. 

# }

# Finalmente desconectamos
datos_covid$disconnect()
#> ✔ Desconectado