Registro de cambios • covidmx

covidmx 0.7.7

Se cambió donttest issue #15 donde generaba error en el (check para release)[https://github.com/RodrigoZepeda/covidmx/issues/15].

covidmx 0.7.6

Se arregló el Suggests de tidyverse a solicitud de correo masivo de RStudio

covidmx 0.7.5

Se arregló #13 permitiendo ahora que los marcados con edad de cero años aparezcan. Los cortes de fecha ahora incluyen el límite inferior.

covidmx 0.7.4

Se corrige el issue #14 que devolvía agrupados los dataframes al correr casos y positividad.
Se corrigió que arrojara problemas de lectura en la fecha al no poder parsear fechas del estilo 0001-11-03 al leer como tibble. Ahora dichas fechas son eliminadas automáticamente.

covidmx 0.7.3

Se corrige el issue #12 cannot open file ‘NA/2022.csv’: No such file or directory.
Se actualizó la versión de roxygen2: RoxygenNote: 7.2.3.

covidmx 0.7.2

Versión CRAN: 2022-10-19

Segundo intento de enviar a CRAN.

covidmx 0.7.1.2000

Se agregaron los cambios de CRAN:
- Quitar los cambios en options
- Se agregó el value tag en update_covidmx
- Se agregaron links en DESCRIPTION.
- Se arregló un error de encoding al leer como tibble.
- Se arreglaron los dontrun excepto para update_covidmx donde sí es un dontrun.

covidmx 0.7.1.1000

Se cambió la descripción.
Se envió a CRAN.

covidmx 0.7.1.0000

Se cambió la base de ejemplo por una más pequeña y con mejor compresión

covidmx 0.7.0.2000

Se arreglaron las notas sobre el manual del pdf en LaTeX
Se quitaron el README.md y el NEWS.md del build
Se arreglo el archivo que no estaba guardado como non-ascii

covidmx 0.7.0.1000

Se arreglaron los headings del README.md
Se arregló que la función update_covidmx no se exportaba.

covidmx 0.7.0.0000

Se arregló un bug que ocasionaba que cfr y chr regresaran NaN en lugar de NA cuando usabas la opción fill_NA.
Se arregló que los casos eran un tibble vacío si no se reportaban casos con esas condiciones a pesar del fill_zeros = TRUE. Por ejemplo esto antes devolvía:

datos_covid <- datosabiertos
datos_covid <- datos_covid |> casos(tipo_sector = "DIF", fill_zeros = TRUE)
datos_covid$casos

#ANTES (ERROR)
# A tibble: 0 × 5
# … with 5 variables: FECHA_SINTOMAS <dttm>, ENTIDAD_UM <chr>, n <int>, ENTIDAD_FEDERATIVA <chr>,
#   ABREVIATURA <chr>
# ℹ Use `colnames()` to see all variable names

#AHORA
# A tibble: 126 × 5
#   FECHA_SINTOMAS      ENTIDAD_UM     n ENTIDAD_FEDERATIVA  ABREVIATURA
#   <dttm>              <chr>      <int> <chr>               <chr>      
# 1 2021-07-01 00:00:00 02             0 BAJA CALIFORNIA     BC         
# 2 2021-07-01 00:00:00 03             0 BAJA CALIFORNIA SUR BS         
# 3 2021-07-02 00:00:00 02             0 BAJA CALIFORNIA     BC         
# 4 2021-07-02 00:00:00 03             0 BAJA CALIFORNIA SUR BS         
# 5 2021-07-03 00:00:00 02             0 BAJA CALIFORNIA     BC

Se mejoró la selección de variables automática en plot_covid para evitar que una df_covariate sea tambien una df_variable.
Se arregló un bug que impedía la agrupación por otras covariables de cfr y chr.

covidmx 0.6.2.1000

Se mejoraron los ejemplos y la ayuda de casos.

covidmx 0.6.2.0000

Se corrigieron los menús de ayuda para ser más informativos.
Se agrego la funcion update_covidmx para actualizar desde github.
Se cambio el mensaje de inicio.

covidmx 0.6.1.2000

Se corrigieron los menús de ayuda para ser más informativos.

covidmx 0.6.1.1000

Se agregan preguntas al FAQ.

covidmx 0.6.1.0000

Se agregó IMSS a la licencia.
Se arregló un test que se rompía en windows relacionado con este issue de duckdb.

covidmx 0.6.0.0000

Breaking changes

Se eliminó MariaDB y ahora se utiliza duckdb.
Se eliminó el requerimiento de instalar herramientas para abrir el zip.
Se eliminó la dependencia de glue y se agregó una de cli.

covidmx 0.5.1.0000

Se eliminó el chequeo de MariaDBhasDefault para los sistemas donde hay conexión a pesar de no tener el default.

covidmx 0.5.0.0000

Se agregó la nueva variable driver a las conexiones a MariaDB para permitir otro tipo de SQL.
Se agregó la variable sqlimport para que eventualmente se pueda cambiar mysqlimport a mariadb-import por el cambio en MariaDB acá.
Se arregló un error donde no se asignaba bien el cache del diccionario.

covidmx 0.4.2.0000

Se arregló el bug que no eliminaba la descarga en csv si ésta se parseaba en tibble.

covidmx 0.4.1.0000

Se arregló el bug que impedía seleccionar solo Antígeno como pruebas en numero_pruebas
Se arregló el bug que impedía seleccionar solo Antígeno como pruebas en positividad
Se arregló el bug que impedía seleccionar Defuncón como fecha_tipo en numero_pruebas
Se agregó la opción de quiet a positividad

covidmx 0.4.0.0000

Se arregló bug que al filtrar por IMSS devolvía IMSS-BIENESTAR en tipo_sector
Se arregló bug que al filtrar por NO devolvía NO ESPECIFICADO en tipo_paciente
Se agregaron tests y se conectò a codecov.

covidmx 0.3.0.0000

Se arregló un bug que al filtrar por BAJA CALIFORNIA también devolvía BAJA CALIFORNIA SUR en casos.
Se agregó un dataset datosabiertos para poder probar funciones sobre ese data.
Se cambió el tutorial a una tabla llamada tblname para que sea más rápido que la descarga y creación del repositorio de Github.
Se agregó el parámetro max_date a estima_rt para mejorar la estimación de la ventana de tiempo del RT.
Se eliminó que casos por default descargue los datos si no tiene un input o si su input es vacío pues generaba un bug cuando el elemento de la lista no estaba.
Se agregó un mensaje onAttach y se eliminaron mensajes al descargar archivos.

covidmx 0.2.0.0000

Agregué NEWS.md
La descarga y lectura ahora es más robusta con funciones para trabajar si descargaste pero se interrumpió el unzip o tienes el csv pero no lo leíste. Checa descarga_datos_abiertos y read_datos_abiertos.
La descarga de archivos tiene una nueva estructura inspirada en pins que lee de memoria (cache) si no ha pasado más de un día de la descarga, si ya pasó más de un día pero detecta que el archivo en línea es idéntico al que tienes en memoria o si no tienes Internet.
Se cambió rt por estima_rt para no ocasionar problemas con la distribución de Student en stats::rt.